1、计税方法不同：

一般纳税人采用增值税一般计税方法，而小规模纳税人采用简易计税方法，例外：特定行业的一般纳税人也可适用简易计税法，主要是提供建筑服务的企业。

2、税率与征收率不同

一般纳税人适用增值税税率，而小规模纳税人适用增值税征收率，例外：特定行业的一般纳税人也适用增值税征收率。

3、纳税申报周期不同

一般纳税人的纳税申报是按月，而小规模纳税人的纳税申报一般是按季度，例外：一些小规模纳税人也可申请按月纳税申报。正是由于一般纳税人的会计核算水平要比小规模纳税人的健全，所以一般纳税人每个月都需要进行增值税纳税申报，而小规模纳税人只需要在每年的1月初、4月初、7月初和10月初进行四次纳税申报。

4、发票不同

小规模纳税人销售只能使用普通发票，不能使用增值税专用发票，

5、税率不同

税率不同，一般纳税人分为6%税率、11%税率、17%税率。小规模纳税人3% ，免税的除外。